พิพิธภัณฑ์ศาลปกครอง ตั้งอยู่บนชั้น 2 ของอาคารศาลปกครอง มีพื้นที่จัดแสดง 187.2 ตารางเมตร และเปิดให้บริการแก่ผู้สนใจเข้าชมตั้งแต่วันที่ 20 กันยายน 2554 โดยจัดสร้างขึ้นเพื่อให้เป็นแหล่งเรียนรู้ เรื่องราวของศาลปกครองและกระบวนการยุติธรรมทางปกครองของไทย สำหรับนิสิต นักศึกษา นักวิชาการ ข้าราชการและประชาชน ตลอดจนชาวต่างประเทศที่สนใจ พิพิธภัณฑ์ศาลปกครองเป็นแหล่งรู้เรียนหนึ่งของศาลปกครอง ที่มีข้อมูลสำคัญทางประวัติศาสตร์เกี่ยวกับการจัดตั้งศาลปกครองในประเทศไทย ซึ่งมีประวัติยาวนานกว่า 100 ปี นับจากจุดเริ่มต้นของแนวคิดที่จัดให้มีองค์กรพิจารณาเรื่องที่ราษฎรได้รับความเดือดร้อนในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พ.ศ. 2417 ที่ทรงจัดตั้งเคาน์ซิลออฟสเตด ที่ปรึกษาราชการแผ่นดินขึ้น และมีพัฒนาเรื่อยมาจนเป็นศาลปกครองในปัจจุบัน